MEDI Baden-Württemberg ist ein eingetragener Verein (e.V.). Die MEDI-Mitglieder des Vereins sind gleichzeitig in regionalen Praxisnetzen organisiert, die in Form von GbRen bestehen.

Die GbRen vertreten die MEDI-Ziele und MEDI-Grundsätze unter Berücksichtigung der regionalen Gegebenheiten vor Ort. Aktuell gibt es in Baden-Württemberg 39 GbRen in allen Landesteilen.

An der Spitze des Vereins steht der Geschäftsführende Vorstand mit dem Vorsitzenden und drei Stellvertretern, einem Vertreter der nichtärztlichen Psychotherapeuten und dem Schatzmeister. Jeden der vier Regierungsbezirke vertreten je zwei weitere Vorstandsmitglieder.

Im erweiterten Vorstand von MEDI Baden-Württemberg sind zusätzlich die Sprecher der regionalen GbRen vertreten.